دفاع از رساله دکترا در رشته مهندسی شیمی

دفاع از رساله دکترا در رشته مهندسی شیمی


به استحضار می رساند جلسه دفاع از رساله دکترا جناب آقای مهندس مهدی دهقان منشادی با عنوان "بررسی سامانه‌ای تفاوت‌های رفتاری و عملکردی شبکه‌های متابولیکی و کاربرد آن در تشخیص و درمان بیماری‌ها" در روز شنبه، 18 شهریورماه 1402، ساعت 16:00 در کلاس 601 دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز برگزار خواهد شد. 

استاد راهنما در انجام این رساله جناب آقای دکتر پیام ستوده، استاد مشاور اول جناب آقای دکتر مهرزاد فیلی زاده و استاد مشاور دوم جناب آقای دکتر هابیل زارع می باشند.

چکیده این پایان نامه به شرح زیر می باشد:

بررسی سامانه‌ای تغییرات متابولیکی سلول‌های سرطانی یا عملکرد متابولیکی میکروارگانیسم‌های بیماریزا امکان ارائه روش‌های درمانی خاصی جهت هدف‌گیری این سلول‌ها و کمینه کردن اثرات جانبی بر روی سلول‌های سالم را فراهم می‌کند. با این حال، حمله به تک ژن‌های حیاتی اغلب با چالش‌هایی از جمله مقاومت دارویی و یا نبود هدف قابل دسترس رو به رو است. استفاده از مفهوم کشندگی مصنوعی می‌تواند یک رویکرد جایگزین جهت مقابله با چالش‌های بیان شده باشد. مجموعه‌های کشنده مصنوعی (SL) اهدافی هستند که حمله به آن‌ها به صورت جداگانه تاثیر قابل توجهی بر سلول ندارند، اما در صورتی که به طور همزمان از سلول حذف شوند، عملکرد سیستم را مختل می‌کنند. از آنجایی که زیست‌شناسی سامانه‌ای محاسباتی رویکردی کارآمد جهت پاسخ به پرسش‌های زیست‌پزشکی از طریق بررسی برهم‌کنش‌های پیچیده‌ی شبکه‌های زیستی است، در این پژوهش از این رویکرد جهت شناسایی مجموعه‌های کشنده‌ مصنوعی به عنوان اهداف دارویی استفاده شده است. با توجه به پیچیدگی‌های موجود در ایجاد و بکارگیری مدل‌های سلول‌ انسانی، ابتدا روش‌های مورد نظر برروی سلول‌های بیماری‌زا و غیر بیماری‌زا پروکاریوتی باکتریایی توسعه داده و ارزیابی شد. به عنوان نتیجه در این گام، اهداف دارویی انتخابی جهت حمله هدف‌مند به مجموعه‌ای خاص از باکتری‌ها ارئه شد. در آخرین گام، از روش‌های توسعه داده شده جهت یافتن اهداف دارویی جهت مبارزه با سلول‌های سرطانی استفاده شد و برای نخستین بار مفهوم هدف دارویی «اکیداً انتخابی» مطرح گردید.

این پژوهش در سه گام ارائه شده است که در نخستن گام آن روشی به نام Rapid-SL برای شناسایی مجموعه کشنده‌های مصنوعی در یک مدل متابولیکی ژنوم-مقیاس ارائه شد. این روش از جستجوی اول-عمق و توابع بازگشتی برای کاهش زمان جستجو در یافتن مجموعه کشنده‌های مصنوعی مرتبه بالا استفاده می‌کند. اعتبارسنجی نتایج نشان داد که روش Rapid-SL نسبت به روش‌های پیشین، به صورت چشم‌گیری تعداد مسائل بهینه‌سازی حل شده را برای بدست آوردن مجموعه کشنده‌های مصنوعی، کاهش می‌دهد. همچنین پیاده‌سازی روش Rapid-SL به صورت مجموعه‌ای از توابع بازگشتی و استفاده از جستجوی اول-عمق، امکان انجام محاسبات موازی را فراهم می‌کند و قابلیت جستجوی هدفمند و یا جستجو در بخش‌های دلخواه از سیستم را به کاربر می‌دهد. این قابلیت باعث می‌شود تا تنها با بررسی بخش بسیار کوچکی از فضای جستجو، بخش عمدهای از همه راه‌ حل‌های مورد نظر قابل دست‌یابی باشند.

در گام دوم، با استفاده از روش توسعه داده شده، مجموعه کشنده‌های مصنوعی دوگانه، سه‌گانه و چهارگانه برای یک مجموعه شش عضوی از میکروارگانیسم‌ها شناسایی شد. ترکیب‌های مختلفی از این میکروارگانیسم‌ها در ۶۶۵ حالت مختلف بررسی شد تا هدف‌های دارویی بالقوه انتخابی برای حفظ میکروارگانیسم‌های مورد نظر و حذف میکروارگانیسم‌های هدف شناسایی شود. نتایج نشان داد که بیشتر مسیرهای مرتبط با سنتز دیواره سلولی و تکثیر DNA که هدف بسیاری از آنتی‌بیوتیک‌های موجود هستند، در تمام گروه‌های مورد مطالعه مورد هدف واقع شده‌اند. نهایتاً با استفاده از راه حل‌های مختلف بدست آمده، مجموعه‌ای کوچک از اهداف که شامل 7 عضو می‌باشد جهت پوشش بخش قابل توجهی از 665 حالت مورد بررسی، معرفی شدند.

در قسمت سوم از این پژوهش، به شناسایی اهداف دارویی اکیداً انتخابی با استفاده از مدل‌های ژنوم-مقیاس پرداخته شد. اهداف اکیداً انتخابی به معنی این است که اهداف معرفی شده تنها بر روی سلول‌های سرطانی تأثیر گذاشته و در مقابل به هیچ یک از بافت‌های سالم بدن آسیب نرساند. در این راستا، مدل‌های بافت-خاص از 13 بافت مختلف بازسازی شد و مورد مطالعه قرار گرفت. سپس با استفاده از روش Rapid-SL، مجموعه کشنده‌های مصنوعی دوگانه، سه‌گانه و چهارگانه برای هر یک از مدل‌های بافت-خاص سرطانی شناسایی شدند. نتایج نشان می‌دهد که با افزایش کاردینالیته مجموعه کشنده‌های مصنوعی، امکان دست‌یابی به راه حل‌های اکیداً انتخابی افزایش می‌یابد. به عبارت دیگر، مجموعه کشنده‌های مصنوعی مرتبه بالا، قابلیت ارائه اهدافی را دارند که تنها بر روی سلول‌های سرطانی تأثیر می‌گذارد و در عین حال کمترین اثرات جانبی را بر روی سلول‌های سالم بافت‌های مختلف بدن دارد. نتایج به دست آمده در این پژوهش به عنوان یک مسیر پیشنهادی جدید در تحقیقات آزمایشگاهی در مبارزه با سرطان پیشنهاد می‌گردد.

بدین وسیله از کلیه علاقه مندان جهت شرکت در این جلسه دعوت بعمل می آید.

 

آدرس کوتاه :

آرشیو اخبار

جایگاه و رتبه دانشگاه شیراز بر اساس Eduranking در سال 2024
جایگاه و رتبه دانشگاه شیراز بر اساس Eduranking در سال 2024
EduRank یک رتبه بندی مستقل است که ۱۴ هزار و ۱۳۱ دانشگاه را از ۱۸۳ کشور ارزیابی می‌کند. این نظام ارزیابی برای رتبه‌بندی دانشگاه‌ها از بزرگترین پایگاه داده مقالات علمی جهان با ۹۸ میلیون و ۳۰۲ هزار و ۱۹۸ نشریه علمی و ۲ میلیارد و ۱۴۹ میلیون و ۵۱۲ هزار...
جایگاه و رتبه دانشگاه شیراز در رتبه‌بندی QS 2025
جایگاه و رتبه دانشگاه شیراز در رتبه‌بندی QS 2025
ر اساس تازه‌ترین نتایج منتشر شده نظام رتبه‌بندی QS با عنوان رتبه‌بندی جهانی کیو اس 2025، دانشگاه شیراز در میان 9 دانشگاه ایرانی راه‌یافته به این رتبه‌بندی در رتبه 700-691 جهانی، هفتم ملی و سوم دانشگاه‌های جامع کشور قرار گرفت. رتبه‌بندی کیو اس یکی از...
رتبه 150-101 دانشگاه شیراز در موضوع مهندسی نفت در سال 2024
رتبه 150-101 دانشگاه شیراز در موضوع مهندسی نفت در سال 2024
براساس نتایج منتشرشده رتبه‌بندی موضوعی QS در سال 2024، دانشگاه شیراز در حوزۀ مهندسی نفت رتبه 150-101را به دست آورده است. رتبه‌بندی کیو اس یکی از معتبرترین نظام‌های رتبه‌بندی بین‌المللی است که توسط مؤسسه کاکارلی سیموندز انگلیس انجام می‌شود و تنها...
جایزه پژوهشگر برتر دانشجویی دکتر عبدالحسین جهانمیری
جایزه پژوهشگر برتر دانشجویی دکتر عبدالحسین جهانمیری
به منظور تکریم و الگوسازی از نخبگان و شخصیت‌های برحسته علمی و و همچنین ایجاد روحیه تلاش و خودباوری در میان دانشجویان و فارغ التحصیلان دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز دانشگاه شیراز، اولین دوره جایزه پژوهشگر برتر دانشجویی به نام و یاد زنده یاد دکتر...
ارزیابی کارشناسان آموزش دانشگاه
ارزیابی کارشناسان آموزش دانشگاه
بدینوسیله به استحضار می رساند به منظور ارتقاء سطح کارایی و اثر بخشی فعالیت های آموزشی دانشگاه و بر اساس تصمیمات اتخاذ شده فرم نظرخواهی دانشجویان از کارشناسان محترم آموزشی آماده و از روز چهارشنبه مورخ 06/04/1403 در سامانه آموزشی دانشگاه فعال خواهد...
برگزاری رویداد سیمان در دانشگاه شیراز
برگزاری رویداد سیمان در دانشگاه شیراز
با توجه به برگزاری اولین رویداد نوآورانه صنعت سیمان با حضور مدیران و متخصصان این صنعت در دانشگاه شیراز و ارائه نیازهای فناورانه و پژوهشی شرکت­های فعال در این حوزه، از همه دانشجویان جهت شرکت در این برنامه دعوت می گردد. زمان: چهارشنبه 30/3/1403 ساعت 9...
فراخوان ثبت نام مدرسه تابستانه دانشگاه معدن سنت پترزبورگ
فراخوان ثبت نام مدرسه تابستانه دانشگاه معدن سنت پترزبورگ
به استحضار دانشجویان محترم می رساند مقرر گردیده است تیمی متشکل از دانشجویان و اساتید دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز دانشگاه شیراز برای شرکت در "مدرسه تابستانی دانشگاه معدن سنت پترزبورگ روسیه" در بازه زمانی 15 لغایت 30 تیرماه سال 1403 به این دانشگاه...
سخنرانی علمی با عنوان Geomechanical aspects of CO2 sequestration and CO2 EOR
سخنرانی علمی با عنوان Geomechanical aspects of CO2 sequestration and CO2 EOR
با برنامه ریزی معاونت پژوهشی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز دانشگاه شیراز، چهارمین جلسه از سلسله وبینارهای علمی با عنوان Geomechanical aspects of CO2 sequestration and CO2 EOR در روز چهارشنبه مورخ 2 خردادماه 1403 و به صورت آنلاین از ساعت 14 الی 16 در...
رویداد روشنا معرفی انجمن‌های علمی‌دانشجویی، کانون‌های فرهنگی و هسته‌های علمی تشکل‌های دانشجویی فعال در عرصه‌ی فناوری و ترویج نوآوری
رویداد روشنا معرفی انجمن‌های علمی‌دانشجویی، کانون‌های فرهنگی و هسته‌های علمی تشکل‌های دانشجویی فعال در عرصه‌ی فناوری و ترویج نوآوری
معاونت فرهنگی و اجتماعی و معاونت فناوری و نوآوری وزارت علوم، تحقیقات و فناوری برگزار می کنند: 《رویداد روشنا》 معرفی انجمن‌های علمی‌دانشجویی، کانون‌های فرهنگی و هسته‌های علمی تشکل‌های دانشجویی فعال در عرصه‌ی فناوری و ترویج نوآوری مجموعه‌های دانشجویی...
برگزاری وبینار با عنوان مدلسازی متابولیسم سلول های سرطانی
برگزاری وبینار با عنوان مدلسازی متابولیسم سلول های سرطانی
با برنامه ریزی معاونت پژوهشی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز دانشگاه شیراز، وبیناری با عنوان مدلسازی متابولیسم سلول های سرطانی در روز دوشنبه مورخ 17 اردیبهشت ماه 1403 و به صورت آنلاین از ساعت 20 الی 21:30 در محیط Adobe connect برگزار خواهد شد. در...
انتخاب اساتید سرآمد فرهنگی و آموزشی دانشگاه شیراز
انتخاب اساتید سرآمد فرهنگی و آموزشی دانشگاه شیراز
به مناسبت روز معلم با حضور رییس محترم دانشگاه شیراز از سرآمدان آموزشی و فرهنگی دانشگاه شیراز تقدیر شد. به گزارش روابط‌عمومی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز، در آیین گرامیداشت روز استاد و تقدیر از سرآمدان آموزشی و فرهنگی که عصر چهارشنبه 13 اردیبهشت‌ماه...
برگزاری وبینار
برگزاری وبینار "طراحی مفهومی فرآیند تولید زیست گاز: چالش ها و فرصت های تولید زیست گاز"
با برنامه ریزی معاونت پژوهشی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز دانشگاه شیراز، وبیناری با عنوان Conceptual Design of Biogas Production Process :Challenges and Opportunities of Biogas Production در روز سه شنبه مورخ 28 فروردین ماه 1403 و به صورت آنلاین از...
ارتقا رتبه جناب آقای دکتر بینازاده از استادیار به دانشیار
ارتقا رتبه جناب آقای دکتر بینازاده از استادیار به دانشیار
طی جلسه‌ هیئت ممیزه‌ دوشنبه ۷ اسفند‌‌ماه ۱۴۰۲، جناب آقای دکتر مجتبی بینازاده، عضو محترم هیئت‌علمی بخش مهندسی شیمی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز، از مرتبه‌ استادیاری به مرتبه‌ دانشیاری ارتقاء یافتند. ضمن عرض تبریک به این استاد ارجمند، از خداوند متعال...
برگزاری رویداد ملی مسئله محور شروع با همکاری دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز
برگزاری رویداد ملی مسئله محور شروع با همکاری دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز
سه شنبه اول اسفند ماه «رویداد مسئله محور شروع» با همکاری انجمن های علمی دانشگاه شیراز و مرکز نوآوری شروع در محوطه دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز برگزار گردید. در این رویداد دانشجویان ضمن گفتگو با منتورهای تخصصی مرکز نوآوری شروع در حوزه های پتروشیمی،...
دوره آنلاین جامع مهارت های هفت گانه کامپیوتر (ICDL)
دوره آنلاین جامع مهارت های هفت گانه کامپیوتر (ICDL)
شاخه دانشجویی انجمن مهندسی گاز ایران در دانشگاه شیراز با همکاری سازمان آموزش فنی و حرفه ای استان فارس و انجمن های علمی دیگر با افتخار برگزار می کند: 《دوره آنلاین جامع مهارت های هفت گانه کامپیوتر (ICDL) 》 مدرس: سرکار خانم مهندس مریم سلیمانی مهلت...
برگزاری وبینار خواص ترموفیزیکال مایعات یونی
برگزاری وبینار خواص ترموفیزیکال مایعات یونی
با برنامه ریزی انجام شده در دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز دانشگاه شیراز، وبیناری با عنوان "Thermophysical properties of ionic liquids" در روز شنبه مورخ 5 اسفند ماه و به صورت آنلاین از ساعت ١٨ الی ٢٠ در محیط Adobe connect برگزار گردید. در این...
رویداد استانی
رویداد استانی "ایده پردازی ارتقا بهره وری حوزه انرژی در استان فارس"
یه استحضار می رساند رویداد "ایده پردازی ارتقا بهره وری حوزه انرژی در استان فارس" به منظور شناسایی ایده ها و طرح های برتر در محورهای برق، گاز و فرآورده های نفتی در تاریخ 16 و 17 اسفندماه 1402 برگزار خواهد شد.مهلت ارسال طرح ها و ایده ها تا تاریخ 4...
تجهیز آزمایشگاه عملیات واحد دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز
تجهیز آزمایشگاه عملیات واحد دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز
آزمایشگاه عملیات واحد دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز با اعتبار 5 میلیارد و 600 میلیون ریال تجهیز شد. رئیس دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز دانشگاه شیراز در گفت‌وگو با روابط‌عمومی دانشگاه خبر داد: آزمایشگاه عملیات واحد دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز با...
انتصابات جدید در معاونت آموزشی و تحصیلات تکمیلی و معاونت پژوهشی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز
انتصابات جدید در معاونت آموزشی و تحصیلات تکمیلی و معاونت پژوهشی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز
به‌گزارش روابط‌عمومی، طی احکامی جداگانه از سوی جناب آقای دکتر فارسی رئیس دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز، آقای دکتر پیام ستوده (دانشیار بخش مهندسی شیمی) به‌عنوان معاون آموزشی و تحصیلات تکمیلی و آقای دکتر حامد پیرودین (استادیار بخش مهندسی شیمی)...
اولین سمینار علمی مشترک دانشگاه شیراز و دانشگاه سنت پترزبورگ
اولین سمینار علمی مشترک دانشگاه شیراز و دانشگاه سنت پترزبورگ
اولین سمینار تخصصی مشترک دانشگاه شیراز و دانشگاه معدن سنت پترزبورگ روسیه در روزهای سه شنبه و چهارشنبه 3 و 4 بهمن ماه، باهدف آشنایی هرچه بیش‌تر طرفین با ظرفیت‌های علمی و توان تحقیقاتی یکدیگر در سالن همایش های رازی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز...