بررسی سامانه‌ای تفاوت‌های رفتاری و عملکردی شبکه‌های متابولیکی و کاربرد آن در تشخیص و درمان بیماری‌ها

شناسه : 3979468

بررسی سامانه‌ای تفاوت‌های رفتاری و عملکردی شبکه‌های متابولیکی و کاربرد آن در تشخیص و درمان بیماری‌ها


به استحضار می رساند جلسه دفاع از رساله دکترا جناب آقای مهندس مهدی دهقان منشادی با عنوان "بررسی سامانه‌ای تفاوت‌های رفتاری و عملکردی شبکه‌های متابولیکی و کاربرد آن در تشخیص و درمان بیماری‌ها" در روز شنبه، 18 شهریورماه 1402، ساعت 16:00 در کلاس 601 دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز برگزار خواهد شد. استاد راهنما در انجام این رساله جناب آقای دکتر پیام ستوده، استاد مشاور اول جناب آقای دکتر مهرزاد فیلی زاده و استاد مشاور دوم جناب آقای دکتر هابیل زارع می باشند. چکیده این پایان نامه به شرح زیر می باشد:

بررسی سامانه‌ای تغییرات متابولیکی سلول‌های سرطانی یا عملکرد متابولیکی میکروارگانیسم‌های بیماریزا امکان ارائه روش‌های درمانی خاصی جهت هدف‌گیری این سلول‌ها و کمینه کردن اثرات جانبی بر روی سلول‌های سالم را فراهم می‌کند. با این حال، حمله به تک ژن‌های حیاتی اغلب با چالش‌هایی از جمله مقاومت دارویی و یا نبود هدف قابل دسترس رو به رو است. استفاده از مفهوم کشندگی مصنوعی می‌تواند یک رویکرد جایگزین جهت مقابله با چالش‌های بیان شده باشد. مجموعه‌های کشنده مصنوعی (SL) اهدافی هستند که حمله به آن‌ها به صورت جداگانه تاثیر قابل توجهی بر سلول ندارند، اما در صورتی که به طور همزمان از سلول حذف شوند، عملکرد سیستم را مختل می‌کنند. از آنجایی که زیست‌شناسی سامانه‌ای محاسباتی رویکردی کارآمد جهت پاسخ به پرسش‌های زیست‌پزشکی از طریق بررسی برهم‌کنش‌های پیچیده‌ی شبکه‌های زیستی است، در این پژوهش از این رویکرد جهت شناسایی مجموعه‌های کشنده‌ مصنوعی به عنوان اهداف دارویی استفاده شده است. با توجه به پیچیدگی‌های موجود در ایجاد و بکارگیری مدل‌های سلول‌ انسانی، ابتدا روش‌های مورد نظر برروی سلول‌های بیماری‌زا و غیر بیماری‌زا پروکاریوتی باکتریایی توسعه داده و ارزیابی شد. به عنوان نتیجه در این گام، اهداف دارویی انتخابی جهت حمله هدف‌مند به مجموعه‌ای خاص از باکتری‌ها ارئه شد. در آخرین گام، از روش‌های توسعه داده شده جهت یافتن اهداف دارویی جهت مبارزه با سلول‌های سرطانی استفاده شد و برای نخستین بار مفهوم هدف دارویی «اکیداً انتخابی» مطرح گردید.

این پژوهش در سه گام ارائه شده است که در نخستن گام آن روشی به نام Rapid-SL برای شناسایی مجموعه کشنده‌های مصنوعی در یک مدل متابولیکی ژنوم-مقیاس ارائه شد. این روش از جستجوی اول-عمق و توابع بازگشتی برای کاهش زمان جستجو در یافتن مجموعه کشنده‌های مصنوعی مرتبه بالا استفاده می‌کند. اعتبارسنجی نتایج نشان داد که روش Rapid-SL نسبت به روش‌های پیشین، به صورت چشم‌گیری تعداد مسائل بهینه‌سازی حل شده را برای بدست آوردن مجموعه کشنده‌های مصنوعی، کاهش می‌دهد. همچنین پیاده‌سازی روش Rapid-SL به صورت مجموعه‌ای از توابع بازگشتی و استفاده از جستجوی اول-عمق، امکان انجام محاسبات موازی را فراهم می‌کند و قابلیت جستجوی هدفمند و یا جستجو در بخش‌های دلخواه از سیستم را به کاربر می‌دهد. این قابلیت باعث می‌شود تا تنها با بررسی بخش بسیار کوچکی از فضای جستجو، بخش عمدهای از همه راه‌ حل‌های مورد نظر قابل دست‌یابی باشند.

در گام دوم، با استفاده از روش توسعه داده شده، مجموعه کشنده‌های مصنوعی دوگانه، سه‌گانه و چهارگانه برای یک مجموعه شش عضوی از میکروارگانیسم‌ها شناسایی شد. ترکیب‌های مختلفی از این میکروارگانیسم‌ها در ۶۶۵ حالت مختلف بررسی شد تا هدف‌های دارویی بالقوه انتخابی برای حفظ میکروارگانیسم‌های مورد نظر و حذف میکروارگانیسم‌های هدف شناسایی شود. نتایج نشان داد که بیشتر مسیرهای مرتبط با سنتز دیواره سلولی و تکثیر DNA که هدف بسیاری از آنتی‌بیوتیک‌های موجود هستند، در تمام گروه‌های مورد مطالعه مورد هدف واقع شده‌اند. نهایتاً با استفاده از راه حل‌های مختلف بدست آمده، مجموعه‌ای کوچک از اهداف که شامل 7 عضو می‌باشد جهت پوشش بخش قابل توجهی از 665 حالت مورد بررسی، معرفی شدند.

در قسمت سوم از این پژوهش، به شناسایی اهداف دارویی اکیداً انتخابی با استفاده از مدل‌های ژنوم-مقیاس پرداخته شد. اهداف اکیداً انتخابی به معنی این است که اهداف معرفی شده تنها بر روی سلول‌های سرطانی تأثیر گذاشته و در مقابل به هیچ یک از بافت‌های سالم بدن آسیب نرساند. در این راستا، مدل‌های بافت-خاص از 13 بافت مختلف بازسازی شد و مورد مطالعه قرار گرفت. سپس با استفاده از روش Rapid-SL، مجموعه کشنده‌های مصنوعی دوگانه، سه‌گانه و چهارگانه برای هر یک از مدل‌های بافت-خاص سرطانی شناسایی شدند. نتایج نشان می‌دهد که با افزایش کاردینالیته مجموعه کشنده‌های مصنوعی، امکان دست‌یابی به راه حل‌های اکیداً انتخابی افزایش می‌یابد. به عبارت دیگر، مجموعه کشنده‌های مصنوعی مرتبه بالا، قابلیت ارائه اهدافی را دارند که تنها بر روی سلول‌های سرطانی تأثیر می‌گذارد و در عین حال کمترین اثرات جانبی را بر روی سلول‌های سالم بافت‌های مختلف بدن دارد. نتایج به دست آمده در این پژوهش به عنوان یک مسیر پیشنهادی جدید در تحقیقات آزمایشگاهی در مبارزه با سرطان پیشنهاد می‌گردد. بدین وسیله از کلیه علاقه مندان جهت شرکت در این جلسه دعوت بعمل می آید.

 

 

آدرس کوتاه :

آرشیو اخبار

اجرای طرح
اجرای طرح "حامی" در راستای گرامی داشتن دانشجویان نو ورود در دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز
در راستای گرامی­داشتن حضور دانشجویان، ایجاد انگیزه، افزایش اعتماد به نفس و تقویت تعلق خاطر دانشجویان به دانشگاه شیراز و کشور، دانشکده مهندسی شیمی اقدام به اجرای "طرح حامی" نموده که هدف از این طرح، برقراری ارتباط موثر دانشجویان با اساتید و انتقال...
کارگاه HSE با حضور بیش از 65 دانشجو در دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز برگزار گردید.
کارگاه HSE با حضور بیش از 65 دانشجو در دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز برگزار گردید.
در روز چهارشنبه مورخ 24 آبان ماه 1402 کارگاه HSE برای دانشجویان تحصیلات تکمیلی و همچنین دانشجویان مقطع کارشناسی که قصد حضور در آزمایشگاههای دانشکده را دارند برگزار شد. این دوره با همکاری کارشناسان آزمایشگاه دانشکده، نماینده سازمان هلال احمر و کارشناس...
برگزاری نمایشگاه کتاب در دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز
برگزاری نمایشگاه کتاب در دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز
به استحضار می رساند از روز شنبه مورخ 20 آبان ماه تا چهارشنبه 24 آبان ماه، نمایشگاه کتاب با تخفیف تا 50 درصد در محوطه ورودی ساختمان دانشکده در حال برگزاری می باشد. از کلیه علاقه مندان جهت بازدید از این نمایشگاه دعوت بعمل می آید.
نمایشگاه عکس با محوریت فجایع انسانی در حال وقوع در غزه
نمایشگاه عکس با محوریت فجایع انسانی در حال وقوع در غزه
از روز شنبه مورخ 20 آبان ماه 1402 نمایشگاه عکسی با محوریت "فجایع انسانی در حال وقوع در غزه توسط رژیم اسرائیل، با همت دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز، در لابی دانشکده آغاز به کار کرده است. عکسهای به نمایش گذاشته شده با همکاری سازمان های مردم نهاد تهیه...
کسب رتبه 265 براساس رتبه بندی NTU در سال 2023 در موضوع مهندسی شیمی توسط دانشگاه شیراز
کسب رتبه 265 براساس رتبه بندی NTU در سال 2023 در موضوع مهندسی شیمی توسط دانشگاه شیراز
سالیانه موسسات جهانی گوناگونی طبق ملاک‌هایی، دانشگاه های دنیا را رتبه‌بندی می‌کنند. از جمله معیارهای رنکینگ دانشگاه‌ها می‌توان آمارهای مبتنی بر تجربه، سطح علمی و کیفی اساتید، بورس‌های داده شده، تعداد دانشجویان، تجهیزات آزمایشی و پژوهشی و سایر موارد...
برگزاری جلسه آشنایی دانشجویان نو ورود با اساتید و کارمندان دانشکده همراه با صرف نهار
برگزاری جلسه آشنایی دانشجویان نو ورود با اساتید و کارمندان دانشکده همراه با صرف نهار
در روز سه شنبه مورخ 9 آبان ماه 1402، جلسه آشنایی دانشجویان نو ورود مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری رشته های مهندسی شیمی و مهندسی نفت با اعضای هیئت علمی و کارکنان دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز از ساعت 12 الی 14 در سالن طبقه 3 اداری دانشکده...
برنامه معرفی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز ویژه دانشجویان مقطع کارشناسی ورودی 1402
برنامه معرفی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز ویژه دانشجویان مقطع کارشناسی ورودی 1402
برنامه معرفی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز ویژه دانشجویان مقطع کارشناسی ورودی 1402 در روز یک شنبه مورخ 30 مهرماه 1402 از ساعت 13:30 الی 15:30 در سالن سعدی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز برگزار شد. در این برنامه تاریخچه دانشگاه شیراز، دانشکده و گروه...
قرار گرفتن اعضای هیئت علمی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز در لیست 2 درصد پژوهشگران برتر دنیا
قرار گرفتن اعضای هیئت علمی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز در لیست 2 درصد پژوهشگران برتر دنیا
طبق تازه‌ترین گزارش سالانه الزویر از عملکرد استنادی پژوهشگران در سال 2023 که برمبنای شاخص‌های استنادی برگرفته از پایگاه اسکوپس منتشر شده است؛ براساس تحلیل عملکرد استنادی یک‌ساله، جناب آقای دکتر داریوش مولا، جناب آقای دکتر محمدرضا رحیم پور، جناب آقای...
جشن آغاز سال تحصیلی با حضور رئیس جمهور و وزیر علوم در دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز شیراز
جشن آغاز سال تحصیلی با حضور رئیس جمهور و وزیر علوم در دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز شیراز
جشن آغاز سال تحصیلی ۱۴۰۲-۱۴۰۳ دانشگاه‌ها، مؤسسات و مراکز آموزش عالی صبح پنجشنبه ۲۰مهرماه، با حضور رئیس محترم جمهور، وزیر محترم علوم، تحقیقات و فناوری، رئیس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری و جمعی از اعضا هیات علمی و مدیران استان با شرکت بیش از 600...
ارتقاء جناب آقای دکتر محمد خرم از دانشیار با استاد
ارتقاء جناب آقای دکتر محمد خرم از دانشیار با استاد
با موافقت در جلسه‌ی هیأت ممیزه‌ی دوشنبه 17 مهرماه ۱۴۰۲، آقای دکتر محمد خرم عضو محترم هیات علمی بخش مهندسی شیمی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز از مرتبه دانشیار به استاد ارتقا یافتند. دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز ضمن عرض تبریک به این استاد ارجمند، از...
ارتقا جناب آقای دکتر پیمان کشاورز از دانشیار به استاد
ارتقا جناب آقای دکتر پیمان کشاورز از دانشیار به استاد
با موافقت در جلسه‌ی هیأت ممیزه‌ی دوشنبه 17 مهرماه ۱۴۰۲، آقای دکتر پیمان کشاورز عضو محترم هیات علمی بخش مهندسی شیمی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز از مرتبه دانشیار به استاد ارتقا یافتند. دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز ضمن عرض تبریک به این استاد...
ثبت نام در برنامه راهیان پیشرفت، بازدید از صنایع استان هرمزگان
ثبت نام در برنامه راهیان پیشرفت، بازدید از صنایع استان هرمزگان
بر اساس اعلام معاونت دانشجویی فرهنگی دانشگاه شیراز، اردوی راهیان پیشرفت با موضوع روایت دستاوردها و توانمندی های کشور در استان هرمزگان شامل بازدید از مجتمع کشتی سازی ایزو-ایکو، پالایشگاه نفت ستاره خلیج فارس و دستاوردهای دفاعی در آب های خلیج فارس از 26...
تاریخ شروع نیمسال اول 1403-1402
تاریخ شروع نیمسال اول 1403-1402
ضمن تبریک شروع سال تحصیلی جدید به کلیه دانشجویان گرامی به استحضار می رساند شروع نیمسال تحصیلی اول 1403-1402 کلیه دانشگاههای کشور از روز دوشنبه مورخ 3 مهرماه 1402 بوده و مدت زمان برگزاری این نیمسال 16 هفته خواهد بود. جهت دریافت برنامه زمان بندی نیمسال...
انتصاب جناب آقای دکتر فیلی زاده به عنوان عضو هیئت مدیره پتروشیمی غدیر
انتصاب جناب آقای دکتر فیلی زاده به عنوان عضو هیئت مدیره پتروشیمی غدیر
با ابلاغ حکمی از سوی مدیرعامل هلدینگ نفت و گاز و پتروشیمی تأمین (تاپیکو)، جناب آقای دکتر مهرزاد فیلی‌زاده عضو محترم هیئت علمی بخش مهندسی شیمی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز به عنوان "عضو هیئت مدیره پتروشیمی غدیر" منصوب شدند. پتروشیمی غدیر با ظرفیت...
فعالیت دفتر پژوهش و فناوری شرکت گاز استان فارس
فعالیت دفتر پژوهش و فناوری شرکت گاز استان فارس
به استحضار می­رساند "دفتر پژوهش و فناوری شرکت گاز استان فارس" با حضور نماینده محترم شرکت گاز به منظور تسهیل ارتباط بین صنعت و دانشگاه در طبقه همکف ساختمان اداری دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز فعال می باشد. هدف این مرکز حمایت مادی و معنوی از هر گونه...
ارتقا آقای دکتر مسعود ریاضی از مرتبه دانشیار به استاد
ارتقا آقای دکتر مسعود ریاضی از مرتبه دانشیار به استاد
در جلسه‌ی هیأت ممیزه‌ی دوشنبه ۲۶ تیر‌‌ماه ۱۴۰۲، آقای دکتر مسعود ریاضی عضو هیات علمی بخش مهندسی نفت دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز از مرتبه دانشیار به استاد ارتقا یافت. دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز ضمن عرض تبریک به این استاد ارجمند، از درگاه خداوند...
ارتقا آقای دکتر مهدی اسکروچی از مرتبه استادیار به دانشیار
ارتقا آقای دکتر مهدی اسکروچی از مرتبه استادیار به دانشیار
در جلسه هیات ممیزه دوشنبه 19 تیر ماه 1402، آقای دکتر مهدی اسکروچی عضو هیات علمی بخش مهندسی نفت دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز از مرتبه استادیاری به دانشیاری ارتقا یافت. دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز ضمن عرض تبریک به این استاد ارجمند، از درگاه خداوند...
کسب سه مقام توسط انجمن های علمی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز در پانزدهمین جشنواره بین‌المللی حرکت
کسب سه مقام توسط انجمن های علمی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز در پانزدهمین جشنواره بین‌المللی حرکت
به‌ گزارش روابط‌عمومی دانشگاه شیراز، در پانزدهمین جشنواره بین‌المللی حرکت، دانشگاه شیراز با کسب 18 مقام ازسوی انجمن‌های علمی دانشجویی، در میان 86 دانشگاه کشور صدرنشین شد. به‌گفته‌ رئیس مرکز حمایت از فعالیت‌های انجمن‌های علمی دانشجویان دانشگاه شیراز،...
تقدیر از سرآمدان آموزشی، فرهنگی و برگزیدگان پژوهشی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز باحضور وزیر محترم علوم
تقدیر از سرآمدان آموزشی، فرهنگی و برگزیدگان پژوهشی دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز باحضور وزیر محترم علوم
آیین گرامیداشت روز استاد و تقدیر از سرآمدان آموزشی و فرهنگی و برگزیدگان پژوهشی و بازنشستگان دانشگاه شیراز، با حضور وزیر علوم، تحقیقات و فناوری و معاونان او، استاندار فارس و جمعی از دانشگاهیان دانشگاه شیراز، عصر شنبه ۲۳ اردیبهشت‌ماه ۱۴۰۲، در تالار...
موفقیت دانش آموخته دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز در کسب جایزه البرز 1402
موفقیت دانش آموخته دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز در کسب جایزه البرز 1402
در مراسم اعطای جایزه البرز 1402 که همزمان با شصت‌ ویکمین سال تأسیس بنیاد فرهنگی البرز با اعطای جایزه البرز به نخبگان کشور در مرکز همایش‌های بین‌المللی صدا و سیما برگزار شد؛ «دکتر علی صفایی» دانش‌آموختۀ دکتری مهندسی نفت دانشکده مهندسی شیمی، نفت و گاز...